Die Anwendung von Atomoxetin mit einem MAO-Hemmer wie Selegilin ist gemäss Fachinformation kontraindiziert. Bedingt durch den Wirkungsmechanismus der beiden Substanzen kann es zu synergistischen pharmakologischen Effekten auf die Noradrenalin-Wirkung kommen. Schwerwiegende zentralnervöse Symptome wie Übelkeit, Erbrechen, Schwindel, Flushing, Tremor, Myoklonus, Rigidität, Diaphorese, Hyperthermie, schnelle Fluktuation der Vitalparameter, Krampfanfälle sowie Veränderungen des mentalen Status von Agitation bis Koma können auftreten. Bei gleichzeitiger Einnahme von Selegilin und sympathomimetischen Substanzen besteht ein erhöhtes Hypertonierisiko. Ebenso wird ein erhöhtes Risiko für die Entwicklung eines Serotoninsyndroms in der Literatur diskutiert.