Brivudin bewirkt eine Akkumulation von Fluorouracil (5-FU), mit 5-15-facher Erhöhung der 5-FU Konzentrationen. Dies geht mit einer massiv erhöhten 5-FU-Toxizität einher (Myelotoxizität, Mucositis, Hand-Fuss-Syndrom). Es kam zu einem Todesfall bei einer Patientin, die Capecitabin (ein Prodrug von 5-FU) zusammen mit Brivudin einnahm. Bei gesunden Erwachsenen ist in etwa 18 Tage nach Therapiestopp von Brivudin (Brivudin 125 mg 1 x täglich für 7 Tage) die volle Funktionstüchtigkeit der DPD wiederhergestellt.