Brivudin bewirkt eine Akkumulation von Fluoropyrimidinen wie Flucytosin. Die Konzentrationen von 5-Fluorouracil (5-FU) wurden 5-15-fach erhöht. Dies geht mit einer massiv erhöhten Toxizität einher (Myelotoxizität, Mucositis, Hand-Fuss-Syndrom). Es kam zu einem Todesfall bei einer Patientin, die Capecitabin (ein Prodrug von 5-FU) zusammen mit Brivudin einnahm. Bei gesunden Erwachsenen ist in etwa 18 Tage nach Therapiestopp von Brivudin (Brivudin 125 mg 1 x täglich für 7 Tage) die volle Funktionstüchtigkeit der DPD wiederhergestellt.