In einer Studie führte die Kombination von Efavirenz mit Atovaquon/Proguanil bei 20 HIV-Infizierten verglichen mit 18 gesunden Probanden, die nur Atovaquon/Proguanil erhielten, zu einer Erniedrigung der Atovaquon-AUC auf im Mittel 25%. Daten zum Einfluss von Efavirenz auf die Pharmakokinetik von Proguanil sind allerdings inkonklusiv. In obiger Studie sank die AUC von Proguanil im Mittel auf 57% ab. In einer Studie an 15 gesunden Probanden führte Efavirenz hingegen zu einer Verdoppelung der AUC einer Einzeldosis von Proguanil. Die AUC von Cycloguanil nahm um ca. 40% ab. Eine Wirkungsabschwächung von Atovaquon/Proguanil in der Kombination mit Efavirenz kann nicht ausgeschlossen werden.