Der Verein bezweckt den Schutzes von Hinweisgebern (sog. «Whistleblower») einerseits und damit die Förderung der Meldung von unethischen, rechtswidrigen oder anderweitig verwerflichem Verhalten oder von festgestellten Missständen andererseits. Zu diesem Zweck versteht sich whistleblow.ch als unabhängige und der strikten Geheimhaltung verpflichtete externe Meldestelle für Organisationen aller Art, die ihre Hinweisgeber schützen und insofern Transparenz hinsichtlich unerwünschter Vorgänge oder Zustände schaffen wollen. Nebst dem Betrieb einer Meldestelle kann whistleblow.ch sein Zweck insbesondere auch durch Beratung, Schulung und Aufklärung erreichen.