Zweck der Stiftung ist die finanzielle Unterstützung von Projekten, welche die natürliche Vielfalt der Pflanzen (Landpflanzen - Embryophyta) der Schweiz schützen. Im Vordergrund stehen Massnahmen mit landschaftschützerischem Wert der Stiftung Landschaftsschutz Schweiz oder anderer Organisationen/Einzelpersonen mit ähnlicher Zielrichtung. Die Stiftung Helvetiflora behält sich vor, Arbeiten zum botanischen Artenschutz ausserhalb dieses Rahmens zu finanzieren. Zufolge gesamtschweizerischer Tätigkeit untersteht die Stiftung der Eidgenössischen Stiftungsaufsicht ESA. Die Stiftung verfolgt keinerlei wirtschaftliche Zwecke, erstrebt keinen Gewinn und schliesst die Förderung von Projekten mit solchen Zielen aus.