Durch die additive Verlängerung der QT-Zeit beider Substanzen erhöht sich die Wahrscheinlichkeit für das Auftreten von kardialen unerwünschten Wirkungen wie Arrhythmien, Torsades de pointes oder Herzstillstand. Zudem kann es zu einer additiven ZNS- und Atemdepression kommen. Die zentral dämpfenden und QT-verlängernden Effekte sowie das Risiko für Torsades de pointes von Methadon und Chlorprothixen sind bekannt, zu Interaktionen liegen keine Daten vor.