Die Gesellschaft erbringt Medizinaldienstleistungen insbesondere in der Viszeralchirurgie und der Gastroenterologie in den Bereichen der einfachen, spezialisierten sowie der hochspezialisierten Versorgung. Die Gesellschaft trägt im Rahmen von Leistungsvereinbarungen, die sie selbst von der Universität Basel und anderen staatlichen Universitäten erhält, zur universitären Lehre und Forschung bei. Die Tätigkeit der Clarunis ist gemeinnützig und dient öffentlichen Zwecken.