Durch die verminderte Resorption kann es zu erniedrigten Konzentrationen des Immunsupressivums kommen. Unter Kombination mit Pantoprazol kam es zu einer AUC-Verminderung von MMF um 37% und einer 60% niedrigen Cmax im Vergleich zu MMF alleine. Dieser pharmakokinetische Effekt scheint bei der magensaftresistenten Galenik von Mycophenolat deutlich weniger stark ausgeprägt zu sein. Das Risiko für Transplantatabstossungen kann bei unzureichender immunsuppressiver Wirkung erhöht sein. In einer weiteren Studie wurde zwar ebenfalls eine Veränderung der Pharmakokinetik von MMF festgestellt, die immunsuppressive Wirkung des aktiven Metaboliten Mycophenolsäure (MPA) war jedoch nicht beeinträchtigt.