Der Verein bezweckt, Baptisten auf der Grundlage ihres christlichen Zeugnisses und ihrer besonderen Glaubensüberzeugungen zu stärken und zu einen, sie im Glaubensleben zu ermutigen, Gemeinschaft und geteilte Verantwortung zu fördern und in allem Bestreben den Willen von Jesus Christus, dem Herrn und Heiland, zu erfüllen suchen. Der Verein ist Glied der Baptist World Alliance. Er fördert deren Belange und unterstützt deren Ziele. EBF steht in Beziehung zum Internationalen Baptistischen Theologischen Studiencenter mit Sitz in Amsterdam, welches einen separaten Verein bildet unter holländischer Gesetzgebung. EBF gehören die Kapitalanlagen für den Betrieb von IBTSC (Amsterdam), welche über den Verein Baptistische Theologische Hochschule mit Sitz in Rüschlikon ZH verwaltet werden.